Lionel Messi debutó con la Selección Argentina en la fase clasificatoria para el mundial del 2005, llevando al equipo al mundial que se disputaría en Holanda. En junio del 2005 jugo y gano el mundial Sub 20 de dicho país en donde ganó la Bota de Oro de la competición con 6 goles, y el Balón de Oro como mejor jugador del Mundial, empezando así su comparación con Diego Armando Maradona.

Tras su paso por el mundial , fue convocado para la selección mayor de la mano de José Pekerman y su debut se produjo el  17 de agosto de 2005 en donde ingreso en el segundo tiempo y solo jugó 47 segundos ya que en el primer balón que toco el arbitro Markus Merk lo expulso por unos agarrones con un defensa húngaro, pero tuvo su revancha en octubre ante Paraguay en la fase de clasificación para el Mundial de 2006.

En el 2006 participo del Mundial de Alemania 2006, jugando el segundo partido de Argentina que jugó contra Serbia y Montenegro, dando una espectacular asistencia a Hernán Crespo cinco minutos después de salir y marcando el 6-0 final en el minuto 88, convirtiéndose en el sexto jugador más joven en anotar un gol en la historia de los Mundiales. Lionel Messi volvió a jugar contra Holanda en el tercer partido de la zona y en octavos contra México.  En los cuartos de final contra Alemania la pulga no entro y Argentina quedó eliminada en los penaltis.