 Van Nistelrooy debutó en la selección de Holanda el 18 de noviembre de 1998 en un empate a un gol contra Alemania.
Si bien no jugó el mundial de Corea y Japón en el 2002, en el 2006 participó del Mundial de Alemania 2006 marcando un gol a Costa de Marfil.
Ese fue su último partido en un mundial, ya que el técnico Marco Van Basten no lo alineó en el tercer partido de la primera ronda (contra la Argentina, ya que los dos equpos estaban clasificados) para cuidarlo ni tampoco en el partido de octavos contra Portugal, en donde Holanda perdió 1 a 0.
Luego de la eliminación, y de una discusión con el técnico, nunca más fuel vuelto a convocar hasta en junio en 2007 que luego de una reunión con el entrenador volvió al equipo titular en un amistoso contra Cora del Sur.
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